2010. október 1-jétől módosulnak az APEH szervezeti struktúráját meghatározó rendelkezések.
Az APEH regionális főigazgatóságai:
- a főváros és Pest megye területén Budapest székhellyel az APEH Közép-magyarországi Regionális Főigazgatósága,
- Borsod-Abaúj-Zemplén, Heves és Nógrád megye területén Miskolc székhellyel az APEH Észak-magyarországi Regionális Főigazgatósága,
- Hajdú-Bihar, Jász-Nagykun-Szolnok és Szabolcs-Szatmár-Bereg megye területén Debrecen székhellyel az APEH Észak-alföldi Regionális Főigazgatósága,
- Bács-Kiskun, Békés és Csongrád megye területén Szeged székhellyel az APEH Dél-alföldi Regionális Főigazgatósága,
- Győr-Moson-Sopron, Vas és Zala megye területén Győr székhellyel az APEH Nyugat-dunántúli Regionális Főigazgatósága,
- Fejér, Komárom-Esztergom és Veszprém megye területén Székesfehérvár székhellyel az APEH Közép-dunántúli Regionális Főigazgatósága,
- Baranya, Somogy és Tolna megye területén Pécs székhellyel az APEH Dél-dunántúli Regionális Főigazgatósága.
Az APEH igazgatóságai:
- a fővárosban
- az Észak-budapesti Igazgatóság Budapest I., II., III., IV., V. és XIII. kerületei,
- a Kelet-budapesti Igazgatóság Budapest VI., VII., VIII., X., XIV., XV., XVI. és XVII. kerületei,
- a Dél-budapesti Igazgatóság Budapest IX., XI., XII., XVIII., XIX., XX., XXI., XXII. és XXIII. kerületei, területén, Budapest székhellyel.
- a megyékben a megyei igazgatóságok a megyeszékhellyel azonos székhellyel, Pest megyében Budapest székhellyel;
- a Kiemelt Ügyek Igazgatósága és a Kiemelt Adózók Igazgatósága.